眼看事情漸入佳境，他們來到太平洋上美麗的小島“神海島”度假。這座島自古就流傳著，大概是關於衝上岸的“海底宮殿”的古代遺跡，偷走了被發現的原始寶物吧！小蘭、圓子落入獵人魔掌，與慧遠展開調查。柯南以為獵人死了，在“海底宮殿”附近潛水時不幸身亡！小蘭和遠志倖免於難，突然遇到一大群尋找寶物的獵人，這與寶物的傳說有很大關係，兩人性命攸關！故事中隱藏了什麼信息？ “海底宮殿”的秘密是什麼？通過一段300年的密碼，柯南發誓要一步步解開謎題，獵人卻突然出現，他試圖解開背後的原因，柯南和小五郎帶隊，而兩名女海賊留下的寶物是300年的傳說。小蘭和圓子不怕傳揚出去，其中一個突然遭到鯊魚的襲擊，柯南對獵人的死感到奇怪，“海底宮殿”的謎團一直縈繞在他的腦海中。當他發現了一組神秘的名字“Jolly Roger（海盜旗）”時，