幾年前，人們利用超級戰艦“太空號”在南極擊敗了“哥吉拉”，並將“哥吉拉”封印在地下。但除了「哥吉拉」之外，地球上還有很多其他怪物守護著人類的城市。於是，人類成立了「地球防衛部」來應付各種怪物的入侵。地球防衛部最強大的成員是封印了哥吉拉和他的隊長「道格拉斯·戈登上校」的「獵人」。另外，為了因應怪物帶給人類的問題，地球防衛部專門挑選了具有特殊能力的人類。這些“超人”擁有正常人類所沒有的“M染色體”，所以這些人類可以非常強大。超人的身體能力和應對怪物攻擊的敏捷性。其中最主要的是「大崎新一少尉」。很久以前，人們發現了一隻巨型怪物的遺骸，而這隻怪物同時擁有機械和生物元素。人們懷疑，一種能將生物與機械結合的怪物一定是來自外太空。很快，尾崎新一就收到了寶貝島上「小美女」的警告。這個怪物就是後來被「摩斯拉」封印的「基肯」。基根的崛起預示著人類的危機。就在凱發現後不久，怪物突然襲擊了整個世界，讓地球防衛部門忙碌了一段時間。但那艘神秘的船卻突然出現，並帶走了所有這些怪物。這些外星訪客自稱為“X行星”，並聲稱自己是人類的朋友，想要與人類結盟，還有一顆巨大的行星即將入侵地球。然而，在大崎新一、道格拉斯等人的調查下，他們發現並沒有神祕的小行星撞擊地球。而這些怪物基本上都是入侵地球的外星人釋放的。 X星球基本上就是想把人類當食物。當外星人的真實身份被揭露時，外星人擁有令人難以置信的超能力和聽從外星人命令的巨型怪物。地球的防禦終於被摧毀，只剩下了洪天。這次，道格拉斯想出了一個大膽的計劃，解開哥吉拉在南極的封印，讓代表地球上最強大怪物的哥吉拉麵對這些外星入侵者…